Análisis de Genoma

El análisis del Genoma es hoy el estudio genético más completo disponible. En un único análisis se obtiene el conjunto de datos genómicos más amplio posible, sin necesidad de encadenar pruebas sucesivas, combinando la secuenciación completa del genoma con experiencia en interpretación de variantes, herramientas bioinformáticas en evolución continua y el acceso a una de las mayores bases de datos de enfermedades raras del mundo.

A esa ventaja se suma otra que ni los paneles de genes ni el análisis de exoma pueden ofrecer: los datos del genoma permiten incorporar el conocimiento que se genere en el futuro. La genética avanza con gran rapidez, y el mismo genoma puede aprovechar ese avance sin repetir el estudio.

• Variantes patogénicas en regiones codificantes y no codificantes
• Variantes intrónicas profundas
• Variantes de splicing y variantes reguladoras
• Variantes en el número de copias (CNVs)
• Variantes estructurales
• Expansiones de repeticiones
• Reordenamientos genómicos complejos
• Variantes del genoma mitocondrial
• Nuevos tipos de variantes patogénicas, a medida que los métodos de análisis siguen evolucionando

A medida que la genética avanza, el mismo genoma puede reanalizarse sin necesidad de obtener una nueva muestra del paciente, incorporando:

• Nuevos genes asociados a enfermedad
• Nuevos mecanismos de enfermedad
• Guías clínicas actualizadas
• Marcos de interpretación de variantes mejorados
• Algoritmos más precisos de predicción de splicing y de regiones reguladoras
• Mejores procedimientos de detección de variantes estructurales y expansiones de repeticiones
• Mejoras continuas en el análisis bioinformático

Esto convierte un único análisis genómico en un recurso clínico a largo plazo.

• Fenotipos complejos o sindrómicos en los cuales las características clínicas no permiten orientar el diagnóstico hacia una enfermedad concreta o en los que el diagnóstico diferencial resulta complicado (por ejemplo, trastornos del crecimiento o del neurodesarrollo, enfermedades metabólicas, inmunodeficiencias,…)
• Trastornos con anomalías congénitas múltiples en los cuales, además, es probable la presencia de alteraciones genómicas asociadas a pérdidas o ganancias de material genético, incluidos los síndromes de microdeleción o microduplicación (por ejemplo, displasias esqueléticas, alteraciones renales, cardiopatías congénitas, síndrome de diGeorge,…)
• Fenotipos inespecíficos, evolutivos o asociados a múltiples genes (por ejemplo, la discapacidad intelectual, autismo, epilepsias o trastornos neuromusculares)
• Neonatos con presentaciones multisistémicas y graves que requieren hospitalización en unidades neonatales de cuidados intensivos
• Fenotipos heterogéneos con sospecha de enfermedad mitocondrial (por ejemplo, miopatías musculares, cardiomiopatías,…)
• Sospecha de alteraciones que quedan fuera del alcance de otras técnicas, como variantes intrónicas profundas, variantes reguladoras, expansiones de repeticiones o reordenamientos complejos
• Casos en los que no se ha obtenido un diagnóstico concluyente utilizando otras técnicas genéticas, incluido el análisis de exoma (por ejemplo, mediante secuenciación de genes, MLPAs, CGH arrays,…)

• Profundidad de lectura homogénea y superior a 30X, lo que proporciona una alta sensibilidad, así como la posibilidad de detectar variantes en mosaico frecuentes en algunas patologías. A diferencia del exoma, que requiere una captura previa de las regiones codificantes y una profundidad superior a 100X para compensar una cobertura desigual, el genoma se secuencia de forma uniforme y alcanza una sensibilidad equivalente con menor profundidad
• Cobertura altamente uniforme y casi completa del genoma nuclear (> 20.000 genes) y del genoma mitocondrial completo (37 genes)
• El 97% del genoma está cubierto al 10X
• Detección de SNV, InDels y SV, incluidos pequeños CNV hasta cambios a nivel citogenómico, y ADNmt con heteroplasmia ≥ 15%
• Sensibilidad: SNV e InDels (≤ 50 pb) > 99,9%; CNV > 95,0%
• Detección de disomía uniparental (UPD) para las regiones cromosómicas clínicamente relevantes conocidas: 6q24, 7, 11p15.5, 14q32, 15q11q13 y 20q13
• Detección de expansiones de repeticiones en 23 genes conocidos que se asocian con enfermedades neurológicas: AR, ATN1, ATXN1, ATXN2, ATXN3, ATXN7, ATXN8OS, ATXN10, CACNA1A, CNBP, CSTB, C9orf72, DMPK, FMR1, FXN, HTT, JPH3, NOP56, PABPN1, PHOX2B, PPP2R2B, PRNP, TBP
• Detección de variantes asociadas a atrofia muscular espinal (SMN1/SMN2) y reordenamientos de GBA1 asociados a enfermedad de Gaucher y enfermedad de Parkinson
• Interpretación especializada
• Datos contrastados con bases de datos amplias y actualizadas
• Informes interpretados clínicamente para facilitar la toma de decisiones
• Posibilidad de reanálisis de los datos conforme aumenta el conocimiento científico y las evidencias clínicas
• Asesoramiento genético personalizado para resolver cualquier duda o aclaración